鑒別牡丹種類，普通是經過花的外形、顏色、香型來辨別，其次是經過葉、芽、干、根、果以及株形和分枝方式來辨認。 從花冠鑒別：花是審定牡丹種類最主要的根據，其特征主要集中于花冠。 普通可分為：單瓣型，花瓣1至3輪，寬大，雄雌蕊正常，如‘黃花魁’;荷花型，花瓣4至5輪，寬大分歧，開放時形似荷花，如‘似荷蓮’;菊花型，花瓣多輪，自外向內層層排列逐步變小，如‘彩云’ 薔薇型，花瓣自然增加，自外向內明顯變小，少局部瓣化，如‘大棕紫’;托桂型，外瓣明顯，寬大且平展，雄蕊瓣化，自外向內變細而稍隆起，呈半球型，如‘大胡紅’; 金環型，外瓣突出且寬大，中瓣狹長豎直，呈金環型，如‘姚黃’;皇冠型，外瓣突出，中瓣越離花心越寬大，形如皇冠，如‘趙粉’;繡球型，雄蕊完整瓣化，排列緊湊，呈球型，如‘赤龍換彩’;樓子臺閣型，由2朵或2朵以上樓子類單花上下堆疊而成，如‘玉樓點翠’。 從花色上分：牡丹可分紅、黃、綠、黑、白、紫、藍、粉、復色九大色系，在每個色系里又分很多種類，這是最容易分別的。如‘胡紅’一看就曉得是紅色，‘昆山夜光’是白色，‘黑花魁’是黑色，‘花二喬’和‘島錦’有兩種顏色，故為復色。 從香型上分：普通單瓣或層次少的香味濃，白色牡丹多香，紫色更重，黃藍幽香，“嗅其香便知其花”。 從葉片鑒別：牡丹是2回3出復葉。因種類不同，葉片呈現的外形、寬窄、厚薄、顏色等方面各不相同。如‘大胡紅’葉大，圓而肥厚，葉面多平展。‘墨灑金’葉形大而長，但小葉狹長，質地薄，稠密微下垂。‘豆綠’葉背有一層白絨毛。 從枝干區分：經過株形和分株方式來區別牡丹種類。依株形可分為直立型、半展開型、展開型;依分株方式可分單枝型和叢枝型。 從芽上辨認：不同牡丹種類，其芽形與芽色不同。‘二喬’的芽尖而圓;‘青龍臥墨池’的芽尖而帶鉤，好似鷹嘴;‘脂紅’的芽為綠色。 從果實辨認：堅固力強，心皮呈開張輪狀輻射排列的種類，多為單瓣和半重瓣種類，如‘似何蓮’等。堅固率低，果實簇生，多為重瓣種類，如‘首案紅’、‘胡紅’等。 從根分辨：根部可作辨別牡丹種類的輔助手腕。如‘櫻落寶珠’無明顯主根，多呈疏松狀;‘首案紅’的根紫紅色。（ 未知）